| Fecha | Jugador | Llega a | Tipo | Precio |
|---|---|---|---|---|
| 1 abr 2007 | John Thomas Gordon Ruddy | Bristol City | Cesión | — |
| 7 feb 2007 | Cristhian Ricardo Stuani Curbelo | Bella Vista | Cesión | — |
| 1 feb 2007 | John Thomas Gordon Ruddy | Wrexham AFC | Cesión | — |
| 31 ene 2007 | Óscar Guido Trejo | RCD Mallorca | Fichaje | €2.5M |
| 11 ene 2007 | Kasper Peter Schmeichel | Falkirk FC | Cesión | — |
| 1 ene 2007 | Pierre-Emerick Emiliano François Aubameyang | Milan Juv.A | Fichaje | — |
| 1 ene 2007 | Daniele Padelli | Liverpool FC | Cesión | — |
| 1 ene 2007 | Nemanja Matić | MFK Kosice | Fichaje | — |
| 1 ene 2007 | José Salomón Rondón Giménez | Aragua FC | Fichaje | — |
| 1 ene 2007 | Péter Gulácsi | MTK U19 | Fichaje | — |
| 1 ene 2007 | David Olatukunbo Alaba | Austria U17 | Fichaje | — |
| 1 ene 2007 | Kevin Christian Trapp | K'lautern U19 | Fichaje | — |
| 1 ene 2007 | Dante Bonfim Costa Santos | Standard de Lieja | Fichaje | €600k |
| 1 nov 2006 | Nicolás Andrade David | Clube Atlético Mineiro | Fichaje | — |
| 1 sept 2006 | John Thomas Gordon Ruddy | Stockport County | Cesión | — |
| 23 ago 2006 | Kasper Peter Schmeichel | Shrewsbury Town | Cesión | — |
| 1 ago 2006 | Rémy Riou | FC Lorient | Cesión | — |
| 11 jul 2006 | Alexis Alejandro Sánchez Sánchez | Colo-Colo | Cesión | €150k |
| 7 jul 2006 | Santiago Cazorla González | Recreativo de Huelva | Fichaje | €400k |
| 1 jul 2006 | Carlo Pinsoglio | Juventus U19 | Fichaje | — |
| 1 jul 2006 | Thomas André A. Meunier | RE Virton U19 | Fichaje | — |
| 1 jul 2006 | Adrien Tamèze Aoutsa | Lambersart | Fichaje | — |
| 1 jul 2006 | Jeffrey de Lange | Ajax Juvenil | Fichaje | — |
| 1 jul 2006 | Adrián San Miguel del Castillo | Betis C | Fichaje | — |
| 1 jul 2006 | Pascal Alexander Groß | Neckarau U17 | Fichaje | — |
| 1 jul 2006 | Robert Lewandowski | Znicz Pruszkow | Fichaje | — |
| 1 jul 2006 | Ashley Luke Barnes | Paulton | Fichaje | — |
| 1 jul 2006 | Virgil van Dijk | Willem II/RKC-17 | Fichaje | — |
| 1 jul 2006 | Séamus Coleman | Sligo Rovers | Fichaje | — |
| 1 jul 2006 | Loïc Nego | FC Nantes U17 | Fichaje | — |
| 1 jul 2006 | Dante Bonfim Costa Santos | R Charleroi SC | Fichaje | €100k |
| 1 jul 2006 | Daniele Padelli | FC Crotone | Cesión | — |
| 1 jul 2006 | Timothée Christian Kolodziejczak | RC Lens U17 | Fichaje | — |
| 1 jul 2006 | Marc Oliver | B. Nauheim Juv. | Fichaje | — |
| 1 jul 2006 | José Luis Morales Nogales | AD Parla | Fichaje | — |
| 1 jul 2006 | Marc Bartra Aregall | Barça Cad. A | Fichaje | — |
| 1 jul 2006 | Jan Thilo Kehrer | Reutlingen Juv. | Fichaje | — |
| 1 jul 2006 | Brian Graham | Morton | Fichaje | — |
| 1 jul 2006 | Brice Lauriche Samba | Le Havre Juveni | Fichaje | — |
| 1 jul 2006 | Alexis Alejandro Sánchez Sánchez | Udinese Calcio | Fichaje | €3.0M |